Det framgår av ett uttalande från flygjätten, rapporterar Reuters.
Stoppet beräknas gälla under åtminstone hela torsdagen. Det kommer i ett läge där Israel och USA befarar en vedergällningsattack efter den dödliga flygräden mot Irans konsulat i syriska Damaskus nyligen, som Israel tros ligga bakom.
Nära inpå Lufthansas beslut publicerade en iransk nyhetsbyrå ett inlägg på X med arabiska uppgifter om att luftrummet ovanför Teheran stängs till följd av militärövningar. Inlägget raderades dock snabbt och nyhetsbyrån påstod sedan att man aldrig publicerat nyheten i fråga.