MyTravels förslag bygger på att skulder på 10,5 miljarder kronor omvandlas till aktier till sina långivare.
Innehavarna av obligationer i MyTravel vägrade dock acceptera förslaget, som skulle ge dem 8 procent av aktierna, medan långivarna erhåller 88 procent och nuvarande aktieägare 4 procent.
Domstolens beslut innebär att MyTravel kan genomföra rekonstruktionen trots obligationsinnehavarnas motstånd.