Minst 50 BA-flyg från flygplatsen ställdes in på torsdagen, och ett stort antal inkommande flyg var försenade i mer än en timme.
British Airlines sa att passagerare borde kontrollera sin flygstatus innan de åker till flygplatsen på fredag.
”Vi är medvetna om ett tekniskt problem, som vi har arbetat hårt för att åtgärda”, heter det i ett uttalande från British Airways.
Störningen kommer när flygbolaget och flygplatsen arbetade för att minimera verkningarna från den första dagen av en tre dagar lång strejk av säkerhetsvakter på Heathrow som är medlemmar i Unite-facket. Fredagen förväntas bli den mest trafikerade dagen totalt i Storbritannien för avgående flyg sedan 2019, enligt data från analytiker Cirium.