Orsakerna är att det nuvarande tillståndet är svåröverskådligt och att utsläppen inte bör ingå i flygplatsens lokala villkor eftersom det kommer att regleras av EU:s system för handel med utsläppsrätter.
Att arbeta fram en ny ansökan beräknas ta tre år. Miljödomstolen avslog nyligen flygplatsens begäran om en ändring av taket för koldioxidutsläpp.
– Vi förstår inte hur domstolen menar att vi ska agera så vi överklagar domen, samtidigt som vi påbörjar arbetet med ett nytt tillstånd för flygplatsen, säger Jan Lindqvist, informationschef LFV Arlanda.